Caracterización genómica de una cepa de Salmonella enterica subsp. enterica serotipo Infantis, aislado en pollos procedentes de una granja del sur chico de Perú

Salmonella enterica subsp. enterica serovar infantis (S. infantis) es un serotipo emergente en la industria avícola [1]. Su importancia está asociada principalmente a su elevada prevalencia y resistencia a antibióticos [2], ocasionando pérdidas económicas significativas.

En Perú, S. infantis es el serotipo más prevalente en granjas de pollos (91.43%) [3] y el tercero más frecuentemente aislado de humanos y alimentos.

Sin embargo, hay información limitada sobre secuencias completas del genoma de S. Infantis aislados a partir de pollos, lo que limita realizar estudios epidemiológicos moleculares, investigación de brotes y su posible implicancia en la salud animal y humana.

Caracterizar a nivel genómico una cepa de S. Infantis aislado a partir de pollos broiler procedentes de una granja del sur chico de Perú.

Figura 01. Identificación molecular de Salmonella spp. A. integridad del ADN genómico en gel de agarosa 0.8%. B. Producto de PCR: Gen InvA en gel de agarosa 2%. M: marcador de peso molecular (A) E gel High range DNA ladder (B) O’GeneRuler DNA Ladder. Carril 1-2: muestras FARPER-219, carril 3: Control positivo (Salmonella spp.), carril 4: Control negativo.

En total se generaron 99,112 lecturas (longitud promedio, 7,478 bp; y N50, 11,183 bp). El genoma emsamblado resultó con 3 estructuras genómicas: 1 cromosoma circular de 4.7 Mb (cobertura 105x, %GC=52.3) (Fig. 2), 1 plásmido circular de 320 Kb (cobertura 99x, %GC=50.4) y 1 contig lineal de 41 Kb (cobertura 231x, %GC=34.5). Se anotaron 4,651 genes, 4,542 CDS, 86 tRNA y 22 rRNA en el cromosoma; 353 genes (353 CDS) en el plásmido; y 57 genes (57 CDS) en el contig lineal.

Figura 02. Representación circular del cromosoma bacteriano de Salmonella Infantis-FARPER-219 usando DNAplotter de Artemis. Círculo celeste: forward coding sequence; círculo verde: reverse coding sequence; círculo rojo: Islas genómicas predichas; círculo morado: tRNA y mRNA; quinto círculo %GC y sexto círculo inclinación del GC.

La cepa fue genotipificada como ST-32. El análisis de secuencias (16S rRNA) de FARPER-219 mostró 100 % de identidad con la cepa S. Infantis CFSAN003307 (CP019202.1). Se identificaron 53 islas genómicas en el cromosoma y 8 en el plásmido. Se obtuvo la predicción de 10 genes de resistencia a antibióticos: aminoglúcósidos (4 genes), β-lactámicos (1 gen), fosfomicinas (1 gen), fenicoles (1 gen), sulfamidas (1 gen), tetraciclinas (1) y a trimetoprimas (1 gen).